橿原の宮での即位

己未の年の春二月二十日、天皇は将軍たちに命じて兵士を訓練させた。このころ層富県の波哆の丘岬に新城戸畔という者がいた〔「丘岬」は「をかさき」と読む〕。また和珥の坂下に居勢祝という者がいた〔「坂下」は「さかもと」と読む〕。臍見の長柄の丘岬に猪祝という者がいた。この三か所の土蜘蛛は、みなその勇猛さを頼みとして、参上しようとしなかった。そこで天皇は別動隊を分けて遣わし、みな誅殺された。また高尾張邑に土蜘蛛がいた。その姿は、背が低く手足が長くて、小人に似ていた。天皇の軍は葛（かずら）で網を編み、覆いかぶせて殺した。そこでその村の名を改めて葛城とした。そもそも磐余の地は、もとの名を片居〔「かたゐ」と読む〕、または片立〔「かたたち」と読む〕といった。天皇の軍が敵を破ったとき、大軍が集まってその地に満ちたので、名を改めて磐余とした。ある人は次のように言う。天皇が以前、厳瓮で供えた食物を召し上がって軍を出して征伐されたとき、磯城の八十梟帥がその地に集まっていた〔「屯聚居」は「いはみゐ」と読む〕。はたして天皇と大いに戦ったが、ついに天皇の軍に滅ぼされた。それでその地を磐余邑と名づけたのだという。また天皇の軍が雄叫びをあげた所を猛田といい、城を造った所を城田という。また賊たちが戦死して倒れ、腕を枕にして横たわった所を頬枕田という。天皇は前年の秋九月に、ひそかに天香山の埴土を取って八十の平瓮を作り、自ら身を清めて神々を祭り、ついに天下を平定することができた。それで土を取った所を埴安という。

三月七日、天皇は命令を下して、「私が東の征伐を始めてから、今年で六年になった。天の神の威光のおかげで、悪い者たちは討ち取られた。辺境の地はまだ治まらず、残った災いもなお手ごわいが、大和の国の中にはもう騒ぎはない。今こそ都を広げて、大きな宮殿を造るべきである。けれども今は世の中がまだ未開で、民の心は素朴であり、巣や穴に住む暮らしが当たり前になっている。そもそも聖人が制度を立てるときは、その道理は必ず時に従うものである。もし民のためになることならば、聖人の事業に何の妨げがあろうか。そこで山林を切り開いて宮殿を造り、謹んで皇位につき、民を安らかにしよう。上は天つ神が国を授けてくださった恵みにこたえ、下は皇孫（瓊瓊杵尊）が正しい道を養われた心を広めよう。そうしてのちに、天地四方を一つにして都を開き、八紘（世界の果てまで）を覆って一つの家とすることも、またよいことではないか。あの畝傍山〔「うねびやま」と読む〕の東南の橿原の地を見ると、国の中心の奥深い地であろう。ここに都を造ろう」と仰せになった。この月、さっそく役人たちに命じて、都の造営を始めさせた。

庚申の年の秋八月十六日、天皇は正妃を立てようとして、あらためて広く名門の娘を探された。そのとき、ある人が「事代主神が三嶋溝橛耳神の娘の玉櫛媛と結ばれて生まれた子で、名を媛蹈韛五十鈴媛命という方がいます。国一番の美しい方です」と申し上げた。天皇は喜ばれた。九月、媛蹈韛五十鈴媛命を召し入れて正妃とされた。辛酉の年の春正月一日、天皇は橿原宮で即位された。この年を天皇の元年とする。正妃を尊んで皇后とされた。皇后は皇子の神八井耳命と神渟名川耳尊をお生みになった。それで古い言葉にこの天皇をたたえて、「畝傍の橿原に、地の底の岩根に宮柱を太く立て、高天原に千木を高くそびえさせて、初めて天下を治められた天皇」と申し上げ、神日本磐余彦火火出見天皇とお呼びするのである。はじめ天皇が天つ日嗣の大業を始められたとき、大伴氏の遠い祖先の道臣命は、大来目部を率いて密命を受け、たくみに諷歌（そえうた、ほかのものにかこつけた歌）や倒語（さかしまごと、合言葉）を使って、災いを払い除いた。倒語が用いられたのは、このときに始まった。

大和を平定した天皇は、各地の土蜘蛛（朝廷に従わない土着の人々）を討ち、磐余・猛田・城田・頬枕田・埴安・葛城などの地名の由来が次々に語られます。地名の起源を説明する話（地名起源説話）は、古代の地誌である風土記にも多く見られ、日本書紀の大きな特徴の一つでもあります。

天皇は「八紘（あめのした）を掩ひて宇（いへ）と爲む」と詔して、畝傍山の東南の橿原に都を造ります。この言葉は、世界を一つの家とするという意味で、近代には「八紘一宇」という標語として使われました。そして辛酉の年の正月一日に橿原宮で即位し、この年が天皇の元年とされます。明治時代には、この日を太陽暦に換算した2月11日が紀元節（現在の建国記念の日）と定められました。